Чтобы защитить зону, сначала её необходимо выделить.
Выделение зоны производится деревянным топором.
На данной картинке этими точками являются A и G.

Базовый способ выделить регион:
В один куб ткнуть левой кнопкой с деревянным топором в руке, а в другой куб - правой кнопкой. Это будут крайние противоположные точки нашего кубоида - A и G с картинки.
Однако такой способ не всегда удобен. Он вынуждает строить высокие столбы и копать глубокие ямы.

Когда вы выделите кубоид, можно сохранить его за вами:
/region claim <имя региона> <свой ник> - Сохраняет выделенный кубоид как регион с указанным именем.

У каждого региона есть владельцы(owner) и члены(member). Владельцы могут изменять параметры региона, и добавлять членов и других владельцев. Когда вы создаете регион, вы автоматически записываетесь во владельцы.
Чтобы записать во владельцы или члены региона, используются команды:
/region addowner <регион> <ник1> <ник2> и т.д.Пример: /region addowner TestRegion Player1 Player2
/region addmember <регион> <ник1> <ник2> и т.д. 
Пример: /region addmember TestRegion Player1 Player2


Для удаления:
/region removeowner <регион> <ник1> <ник2> и т.д. 
Пример: /region removeowner TestRegion Player1 Player2

/region removemember <регион> <ник1> <ник2> и т.д.
Пример: /region removemember TestRegion Player1 Player2

Удалить регион можно с помощью команды:
/region delete <регион>
Внимание, скобочки < > НИГДЕ писать не нужно.